A partir del Concilio de Trento, la Iglesia determinó que todas las iglesias particulares erigieran seminarios como centro de estudio donde se formasen los futuros sacerdotes. A raíz de esa determinación, se fueron formando distintos seminarios en todo el mundo.

El 8 de mayo 1848 se funda en la ciudad de Santo Domingo el Seminario Conciliar Santo Tomás de Aquino, cuatro años después de la Independencia de la República. Hoy día es la segunda institución más vieja del País y la única con 150 años ininterrumpidos. En este sentido, son muchos los aportes que el Seminario ha podido dar a la Iglesia y al pueblo Dominicano.

Efectivamente, el 8 de mayo de 1848, es fundado mediante una ley del Congreso, el Seminario Conciliar Santo Tomás de Aquino. Este pasó a ser la primera institución educativa de nivel superior en la naciente República.

En 1852 se fundó el Colegio San Buenaventura, pero por la situación social, política y económica que estaba atravesando el país, sus cátedras de derecho, medicina y filosofía tuvieron que ser trasladadas al Seminario. Así lo dispuso el gobierno. Fue por esta misma realidad que en la ley de erección, se determinó recibir 12 seminaristas becados, provenientes de las diferentes provincias existentes: Santo Domingo, Santiago, La Vega, Azua y el Seybo. De manera que, el Seminario, en sus inicios, estaba compuesto por una docena de estudiantes; aunque existía la posibilidad de que otros jóvenes ingresaran cubriendo ellos o sus familias sus respectivos gastos, pero muy pocos se decidieron.

En 1935 es elegido como Arzobispo de Santo Domingo el salesiano italiano Mons. Ricardo Pittini. Desde el comienzo de su episcopado comprendió la gravedad del momento y con gran celo y abnegación se dedicó a la formación de su clero. Hizo mucha propaganda para aumentar el número de los estudiantes y lanzó una vigorosa campaña para el sostenimiento de tan importante obra de la Iglesia y del pueblo dominicano. El trabajo tesonero de Pittini produjo sus frutos. En 1940 el Seminario estaba a toda capacidad, con 41 alumnos. Por tal razón, el Arzobispo erigió un Seminario Menor en el Santo Cerro, aprovechando el edificio donado por el Padre Fantino. En marzo de 1941 se construyó el nuevo edificio y se le puso el nombre de Padre Fantino.

En 1950 se comenzaron a hacer reuniones periódicas, en el seminario, para estudiar un proyecto de Concordato entre la Santa Sede y el gobierno dominicano, el cual se materializó en el 1954. Por el artículo XX de dicho acuerdo se elevó a la categoría de Pontificio el Seminario Santo Tomás de Aquino. Para esta fecha, era rector del Semnario el P. Ceferino Ruiz S.J, quien después fue vice-provincial de los Jesuitas para las Antillas, del 1958 al 1963.

En 1972 es inaugurado el nuevo local del Seminario Menor Santo Tomás de Aquino, en la Avenida Sarasota; este nuevo edificio fue construido como modo de separ el Seminario Menor del Mayor. Pero 6 años, más tarde, siendo rector del Seminario mayor el P. José Somoza, se inauguró, en los mismos terrenos del Seminario Menor, el nuevo hogar de los seminaristas mayores; la Eucaritía, de referida inauguración, fue celebrada en la Parroquia Jesús Maestro, el 2 de octubre de 1978.